В 1499 году Штёфлер вместе с другим астрономом, Якобом Пфлаумом из Ульма, опубликовал «Астрономический альманах», который являлся продолжением знаменитых астрономических таблиц «Эфемериды» Региомонтана. Альманах имел громкий успех и был переиздан 13 раз уже к середине XVI-го столетия. В этом же труде Штёфлер рассчитал, что в 1524 году на Землю должно было обрушиться великое наводнение, что вызвало множество опасений, слухов и споров. Эти настроения дошли даже до России, где придворный врач Василия III Николай Бюлов (Булев) стал пропагандировать предсказания Штёфлера. Хотя само пророчество не исполнилось, репутация Штёфлера от этого почти не пострадала, поскольку развернувшаяся Реформация и Крестьянская война в Германии как будто подтверждали его слова о «переменах».