В конце XVII века во время строительства нового моста на том же месте для святыни была сооружена каменная часовня. Она была приписана к Николаевскому Перекомскому монастырю. Часовня была закрыта в 1930 г., а её реликвии переданы Правлению новгородских музеев. В годы немецко-фашистской оккупации Чудный крест был вывезен в Германию. С тех пор его местонахождение неизвестно.