«Наставление…» состоит из двух частей. В первой части даётся краткая история становления на Руси христианства, объясняется, почему со временем возникла необходимость в исправлении церковных книг. Вместе с тем прослеживается история раскола — от монахов Андреана и Мартина, живших соответственно в X и XII веках, до протопопов и попов XVII столетия. Последние, включая Ивана Неронова, Аввакума Петрова, Никиту Суздальца и прочих, «не токмо добрейшую целость раскололи, но и расщепали на подлейшие мелкости отпадшую свою часть». В сжатом виде представлена информация и об упомянутых «мелкостях» — многочисленных обособленных раскольничьих группах, а также мнимых догмах, составляющих основу их учений (толков).