Особенно тяжёлой оказалась зима 1941–1942 года, когда системы водоснабжения и канализация были выведены из строя — водопроводные станции обесточены, трубы промерзали и не выдерживали рекордно низких температур той зимы. Нечистоты стекали прямо в речную систему города — основной источник питьевой воды. Талый снег тоже был пропитан нечистотами.

Дефицит продуктов питания и тепла, бомбардировки и артобстрелы провоцировали туберкулёз, сыпной и брюшной тиф, дизентерию и инфекционный гепатит, а тяжелейший голод приводил к нетипичному течению заболеваний.

По инициативе Ленинградского Дома санитарного просвещения выходит целая серия плакатов по гигиене и профилактике болезней, в том числе призыв: «Заразного больного отправьте немедленно в больницу. Больной брюшным тифом или дизентерией — источник распространения этих болезней».

На берегах Ладожского озера установили санитарно-контрольные пункты, санитарно-эпидемиологические лаборатории, инфекционные госпитали, банно-прачечные отряды.

Эпидемиологическое благополучие блокированного Ленинграда отмечали зарубежные медики. В 1943 году представители медицинской службы Военно-морского флота США поразились отсутствию эпидемий и общему состоянию Ленинграда: он предстал перед гостями чистым, ухоженным городом.